内部监察办公室（OIO）通过审计、评价、质量审计、视察、调查和监测，来协助总干事管理禁化武组织的资源。
内部监察办公室的使命是通过提供基于风险、客观的保证、建议和观点，提升和保护组织的价值，改进禁化武组织的业务。 内部监察办公室通过运用评价和提高风险管理、内部控制和治理流程的适当性和效力的系统性方法，帮助禁化武组织实现其目标，从而通过提高业务的经济性、效率和效力来增加价值。
该办公室向缔约国和总干事提供合理的保证，使他们相信财务、业务、保密和安全控制措施恰当而且得到了遵守，并且对资源和方案的管理是高效和有效的。在其与审计（内部审计和保密审计）相关的工作中，内部监察办公室遵循（由美国内部审计协会（IIA）发布的） 国际内部审计实务准则。
禁化武组织的评价职能是组织内部监督机制的一部分，由内部监察办公室（OIO）管理。我们的使命是通过对禁化武组织的方案和活动的独立、可信和有益的评价促进问责制。内部监察办公室遵循联合国评价小组（UNEG）规定的评价标准。
内部监察办公室还审查质量保证政策和战略，以维持旨在满足以下国际标准要求的综合方案，这些标准须接受荷兰认可理事会（RVA）的评估： ISO/IEC 17025:2005（对测试和校准实验室能力的一般要求）；和ISO/IEC 17043:2010（合格评定-能力验证的一般要求）。
由于对技术秘书处认证部分中的质量管理体系的监督已委托给内部监察办公室，因此内部监察办公室负责为它本身、禁化武组织实验室和现场分析程序建立和维护质量保证制度认证。尽管重点在禁化武组织实验室，但内部监察办公室负责管理两个认证过程：禁化武组织中央分析数据库和现场数据库的认证，以及气相色谱-质谱联用仪检查设备的准备和测试认证。
此外，内部监察办公室还按照现行的ISO审计标准对质量保证进行监督审计，并评估“包括用于现场分析的禁化武组织质量保证/质量控制方案、禁化武组织实验室，以及指定的和其他的实验室表现在内的分析网络”。
此外，通过将质量经理（目前为SEQAO）的职责纳入监督职能，内部监察办公室成为与质量管理体系日常管理有关的一系列流程的所有者。
根据总干事的授权，内部监察办公室在履行职责时保持业务独立性。