يتبع مكتب السرية والأمن لديوان المدير العام. ويتولى قسم أمن العمليات المسؤولية عن توفير أماكن عمل آمنة وحماية أصول المنظمة. أما قسم السرية وأمن المعلومات فمسؤول عن حماية نُظم المعلومات والاتصالات، ويساعد الدول الأطراف والأمانة على تنفيذ نظام السرية.
