La Oficina de Confidencialidad y Seguridad se encuentra en la Oficina del Director General.
La Sección de Seguridad de las Operaciones se ocupa de la seguridad de los espacios de trabajo y de proteger los activos de la OPAQ.
La Sección de Confidencialidad y Seguridad de la Información se encarga de la protección de los sistemas de información y comunicación, y ayuda a los Estados Partes y a la Secretaría a aplicar el régimen de confidencialidad.